O Ilhéu de Baixo possuiu uma área de 11,5 há, e encontra-se na Zona Especial de Conservação do Ilhéu de Baixo e Ponta da Restinga (PTGRA0015) e na Zona de Proteção Especial destinada à proteção de aves (PTZPE0029) que faz parte da Rede Natura 2000. No ilhéu, é possível observar diversa flora costeira característica dos habitats de falésia e costas de calhau rolado, da qual se destacam espécies como a vidália (Azorina vidalii), Spergularia azorica, não-me-esqueças (Myosotis maritima) e bracel-da-rocha (Festuca petraea). Esta é também uma importante área para refúgio e nidificação de várias espécies de aves marinhas, nomeadamente o cagarro (Calonectris borealis), o garajau comum (Sterna hirundo), o frulho (Puffinus lherminieri), a gaivota-de-patas-amarelas (Larus michahellis), o painho-da-madeira (Hydrobates castro) e, com destaque especial, o painho-de-monteiro (Hydrobates monteiroi), um endemismo local que nidifica maioritariamente, se não exclusivamente, nos ilhéus da Graciosa. A nidificação de alma-negra (Bulweria bulwerii) no Ilhéu de Baixo foi confirmada em 2017, aumentando a distribuição da espécie, e fixando a Graciosa como a região mais a norte da Europa onde é possível observar esta espécie. O Ilhéu de Baixo foi selecionado para intervenção pelo projeto LIFE IP AZORES NATURA para melhorar o estado de conservação das espécies de aves marinhas abrangidas pela Diretiva Aves (cagarro, garajau-comum, frulho, alma-negra, painho-da-madeira e painho-do-monteiro) através da melhoria das condições de nidificação deste habitat, e proteção das espécies-alvo contra predadores.
As seguintes intervenções do projeto terão lugar no Ilhéu de Baixo:
– Instalação de ninhos artificiais para procellariiformes;
– Instalação de caixas de abrigo para garajaus durante a época de reprodução;
– Remoção de espécies exóticas e invasoras, principalmente Tetragonia tetragonoides (espinafres-da-Nova-Zelândia);
– Plantação e sementeira direta de espécies nativas que ocorrem naturalmente nesta zona: Crithmum maritimum, Daucus carota subsp. azoricus, Erica azorica, Euphorbia azorica, Frankenia pulverulenta, Myosotis maritima, Spergularia azorica, Solidago azorica e Tolpis succulenta, para reintroduzir estas espécies no ilhéu ou reforçar populações presentes;
– Implementação de medidas de biossegurança (armadilhas e outros dispositivos) para detetar possíveis invasões por espécies exóticas (por exemplo roedores).